火灾是能给档案造成重大损失的直接隐患，且无法永久恢复。密集架本身具有一定的阻燃防火功能，但档案库房首先要做好消防安全保护措施。在提前搭建仓库货架之初，要选择一些耐火、难燃的防火材料，并严格控制质量。不符合标准的材料不得使用，易燃材料不得使用。同时要配备一些灭火器材，防止需要的时候用不上。不要使用规定以外的电器和电气设备，如电水壶、电炉等。有条件的单位还可以安装电子火灾报警监控设备。
通道红外防护:在通道内安装一条或多条架体通道方向的红外线。当其中一个或多个被屏蔽时，说明通道中有人。
通道红外光栅网:红外光栅网密集分布在通道底盘之间，光束从一个底盘发出，被另一个底盘接收。在密集架的整个通道中，只要有一束红外光被阻挡，就说明通道中有人或物。
通道人体传感器保护:红外和微波双重检测人体传感器能有效检测人体是否在架体通道内。
通道内压力检测:在移动架的底盘上安装压力传感器(如机械行程开关)，检测通道内是否有异物阻碍架体移动。
门禁红外防护:通过在通道入口处安装两束红外线，结合软件的自动判断逻辑，可以有效判断人的出入。
还应注意档案室密集架的木质主体。密集架的表面通常经过多层防锈处理。不要用钥匙、铁器等尖锐物品划伤货架表面，会破坏防锈层。严禁用汽油、高度酒精、松香水、香蕉水擦洗喷塑面，会使喷塑面失去光泽、褪色；保持导轨槽清洁无杂物，以免机械故障。